Система «Mistel» в комбинации Bf 109F-4 и Ju 88А-4 была испытана в середине 1943 г. Предполагалось, что «Mistel» будет использоваться для уничтожения электростанций и других важных объектов на территории СССР, в частности военно-морской базы Кронштадт.

К основным целям «Mistel» были отнесены и базы британского флота на Гибралтаре и в Скапа-Флоу. В конце войны применялся в разных комбинациях для уничтожения мостов и переправ, скопления войск и железнодорожных узлов на советско-германском фронте, где по разным оценкам отмечено от 100 до 200 случаев их использования. Несли большие потери от огня зенитной артиллерии и истребительной авиации.